thumb|240px|Kość miedniczna W 2009 roku Gerald Mayr zacytował opinię Trevora Worthy’ego, według którego Gargantuavis może być w rzeczywistości pterozaurem. Miałyby na to wskazywać przednie położenie panewki stawu biodrowego i szeroka kość miedniczna. Mayr wskazał na fakt, że w miejscu odkrycia szczątków Gargantuavis, odnajdowano także skamieniałości pterozaurów z grupy Azhdarchidae. Buffetaut zgodził się, że panewka stawu biodrowego jest położona we względnie przedniej pozycji (na wysokości trzeciego lub czwartego wyrostka poprzecznego synsakrum), zwrócił jednak uwagę, że u pterozaurów panewka nie jest położona przednio. Wskazał także, że wiele dużych wymarłych nielotnych ptaków – takich jak moa, Dromornithidae i Gastornithidae – miało szerokie miednice. Ponadto kość udowa jest znacznie krótsza i masywniejsza niż u dużych azdarchidów. Także morfologia kręgu szyjnego z Cruzy potwierdza, że Gargantuavis jest ptakiem, a zaawansowane cechy, jak heterocelia, sugerują, że takson ten jest dość zaawansowanym przedstawicielem Ornithuromorpha, blisko spokrewnionym z Ornithurae. Budowa kręgu sugeruje, że rodzaj ten cechował się długą szyją i przypuszczalnie stosunkowo małą głową. Co najmniej dziesięć kręgów krzyżowych może wskazywać, że Gargantuavis jest ptakiem bliżej spokrewnionym ze współczesnymi niż Enantiornithes.