W latach 1835−1937 na nowo zakupionej przez zbór ewangelicki posesji, znajdującej się między ulicami Mylną i Nowolipie, wzniesiono nowy budynek szpitala. Nowo wybudowane skrzydło przylegało do kaplicy przycmentarnej. W 1867 doprowadzono oświetlenie gazowe, a w 1869 dwa wodociągi. Ich fundatorami był Michał Kazanowski. W 1893 za sprawą Artura Göbela powstał gmach szpitalny od ulicy Karmelickiej oraz nowa kaplica. W 1924 Emil Gerlach ufundował w szpitalu pracownię rentgenologiczną. W 1925 powstała siedziba Diakonatu dla około 30 wykwalifikowanych sióstr.
W czasie obrony Warszawy we wrześniu 1939 na terenie szpitala wybuchł pożar. Placówka uruchomiła swoją filię w hotelu Britania przy ul. Nowolipie 18.
W okresie okupacji niemieckiej szpital znalazł się na granicy getta. W maju 1943, z powodu powstania w getcie, na rozkaz Niemców został przeniesiony do budynku Prywatnego 2-letniego Liceum Handlowego Żeńskiego H. Chanowskiej przy ul. Królewskiej 35.