Od 1829 do 1873 przełożeni klasztoru byli równocześnie rektorami seminarium duchownego w Krzemieńcu, zaś od 1865 do 1873 monaster Objawienia Pańskiego w Krzemieńcu był filią monasteru w Zahajcach.
Na początku XX wieku, dzięki staraniom przełożonego, archimandryty Epifaniusza, monaster znacznie się rozwinąłA. Petrovska, W Zahajcach Małych, "Przegląd Prawosławny", nr 12 (330), grudzień 2012, s.32-33. W 1903 w głównej cerkwi monasterskiej wykonano nowe freski. W 1912 otwarty został podległy klasztorowi skit św. Joazafa Biełgorodzkiego. W czasie I wojny światowej obiekt został uszkodzony.
Monaster pozostał w rękach prawosławnych także po I wojnie światowej i odzyskaniu niepodległości przez Polskę. W 1921 państwo polskie przejęło na własność jedynie majątek monasteru, a po odwołaniu biskupa krzemienieckiego Dionizego wyraziło zgodę na pozostawienie w rękach mnichów części gospodarstwa rolnego, stawu z młynem oraz pasieki. Ostatecznie klasztor zachował posiadany majątek ziemski i las, z zastrzeżeniem, że z uzyskiwanego dochodu miał utrzymywać także prawosławnego biskupa wołyńskiego. W 1926 część ziemi została sprzedana miejscowym chłopom. Monaster w Zahajcach należał do zamożniejszych klasztorów prawosławnej diecezji wołyńskiej.