Pod koniec 1968 znów opuścił Amerykę. Tym razem zamieszkał w Szwajcarii, w Lozannie, ale do 1970 jeździł z koncertami po całej Europie. Nagrał kilka płyt w Niemczech oraz Hiszpanii (A Lucky Songbook in Europe). Wrócił do kraju i przez dwa lata (1973–74) nauczał muzyki w Dartmouth College w Hanoverze w USA. W 1972 powstała płyta Goodbye Yesterday, a w 1973 nagrał dla Groove Merchant album I Offer You, który okazał się jego ostatnim nagraniem płytowym. Thompson definitywnie zrezygnował z zawodowego grania muzyki. Według jego przyjaciół żył przez kilka lat na wyspie Manitoulin w Ontario, potem w Savannah (Georgia), a później wyruszył na wędrówkę po Stanach.
Ostatnie lata Na początku lat 90. Thompson przebywał w Seattle. Był bezdomny, korzystał czasem z pomocy przyjaciół. W 1994 kilkakrotnie był hospitalizowany, wreszcie w sierpniu 1994 znalazł schronienie i opiekę w ośrodku pomocy społecznej Columbia City Assisted Living. W końcu lat 90. przeniesiono go do Washington Center for Comprehensive Rehabilitation (też w Seattle). Tam, cierpiąc m.in. na chorobę Alzheimera, zmarł 30 lipca 2005 w wieku 81 lat.