29 sierpnia 1944 z pułku odeszła wraz z mjr. Mikołajem Cybulskim 133-osobowa grupa żołnierzy radzieckich, która następnie weszła w skład utworzonych w I poł. września dwóch brygad Armii Ludowej: 10 Brygady AL „Zwycięstwo” i 11 Brygady AL „Wolność”; przyczyną były nie do pogodzenia różnice ideologiczne. W tej sytuacji d-ca pułku przeorganizował 1 baon tworząc: 1 kp (d-ca „Wicher”; plutony: ppor. „Konrada”, „Groma” i „Drukarza”), 2 kp (d-ca por. „Bończa”); plutony: ppor. „Konrada”, „Groma”, „Gardy” i sierż. „Burzy”), 3 kp (d-ca ppor. „Henryk”; plutony: ppor. „Wacława”, „Mariana” i sierż. „Cygana”). Zastępca d-cy Pułku i kwatermistrz: kpt. Hilary Moraczewski, ps. „Morus”.
Ponowną zmianę organizacji 25 pp AK mjr „Leśniak” zaplanował już 5 września, w związku z podporządkowaniem się mu oddziału kpt. „Lancy” w sile 200 żołnierzy. Z nich miał powstać II batalion. Ta nowa struktura organizacyjna działała tylko jeden dzień. W dniu następnym – 6 września – miejsce postoju Pułku w leśniczówce „Huta” k. wsi Kurzacze zostało zaatakowane przez kompanię nieprzyjaciela z 692 batalionu pod dowództwem mjr. Schlütera. Potyczka zakończyła się sukcesem Polaków, ale kpt. „Lanca” zdecydował o opuszczeniu Pułku. W tej sytuacji „Leśniak” ponownie powrócił w organizacji pułku do podziału tylko na kompanie, bez tworzenia batalionów.