Niemal równolegle z rozpoczęciem przemysłowej eksploatacji Puszczy podniosły się głosy za jej ochroną. Pierwsze rezerwaty utworzono w 1921 roku. Białowieski Park Narodowy utworzono na obszarze, który nigdy nie został poddany przemysłowej eksploatacji. Ingerencja ze strony człowieka była tu zawsze niewielka.
Naturalna historia Puszczy thumb|Głaz narzutowy w oddziale 178B, pozostałość po ostatnim zlodowaceniu Cała flora występująca obecnie w Puszczy Białowieskiej formowała się stopniowo w wyniku migracji roślin z terenów niezlodowaciałych w zależności od zmian klimatycznych oraz tworzenia się i przekształcania gleb. Flora najpierw przybywała tu z południa i zachodu, później z północy i wschodu. Ciężkonasienne gatunki drzew (dąb, lipa, grab) były niezdolne do zajmowania bezleśnych terytoriów i mogły pojawić się dopiero wtedy, gdy lekkonasienne gatunki (brzoza, sosna, osika) już zalesiły terytorium i wytworzyły odpowiedni ekoklimat oraz glebę, na tyle żyzną, by mogły na niej się rozwijać gatunki bardziej wymagające. Nasiona tych gatunków były przynoszone przez ptaki.