Po przejściu frontu wschodniego w 1944 powstały uszkodzenia w zadaszeniu kompleksu franciszkanów, które naprawiał następnie Kazimierz Niemiec.
W dniu 3 października 1946 aresztowany i przewieziony do Rzeszowa został gwardian z Sanoka, któremu zarzucono umożliwienie na terenie klasztoru zebrań członków nielegalnej organizacji Armia Krajowa (po czterech dniach zakonnik został zwolniony, jednak w związku z tym poprosił o przeniesienie i w listopadzie odszedł z Sanoka). W latach powojennych klasztor ponosił szkody w wyniku działań władz komunistycznych PRL (zakonnikom odebrano deputat na opał). W 1950 zostało upaństwowiony teren należącego do franciszkanów gospodarstwa rolnego o powierzchni 34 ha, położony przy ul. Zagrody 10, zaś zakonnikom pozostawiono wówczas ok. 2 ha. Z pozostałej części fragment w 1973 został wykupiony przez władze państwowe (w tym miejscu powstało I Liceum Ogólnokształcące im. Komisji Edukacji Narodowej w Sanoku, w którym oo. franciszkanie byli katechetami do 1984), a w resztkach areału powstała kaplica publiczna, później kaplica rektoralna pw. św. Maksymiliana Marii Kolbego, który w 1984 została przekazana na rzecz diecezji przemyskiej.