W 1384 siostra Kazimierza Wielkiego i matka króla Ludwika Węgierskiego, Elżbieta Łokietkówna wydała zgodę na przeniesienie siedziby franciszkanów w obręb miasta. Na darowanym przez królewnę Elżbietę areale w historycznym rogu sanockiego grodu franciszkanie, po nabyciu dodatkowych parcel miejskich, wybudowali drewniany klasztor oraz kościół (był konstrukcji drewnianej wraz z murowaną zakrystią). Akt erekcyjny kościoła i darowizny są datowane na 5 lipca 1384. Nowy kościół uzyskał tytuł pod wezwaniem Znalezienia Krzyża Świętego. W 1384 pleban kościoła pw. św. Michała usiłował zabrać klasztor, lecz królowa Elżbieta Bośniaczka (żona Ludwika Węgierskiego, a matka królowej Jadwigi) poleciła staroście, radzie i mieszczanom chronić przed plebanem zakonników, których przeniosła spoza murów do miasta. W 1387 Chartman Ghyr kleryk i notariusz publiczny zatwierdził ponownie w Krośnie w obecności biskupa Eryka dokumenty zatwierdzone przez księcia Władysława Opolczyka i królową Elżbietę. W późniejszych wiekach Sanok był kilkakrotnie trawiony przez pożary (w latach 1457, 1470, 1514, 1566 – w ostatnim z tych przypadków kościół ocalał). Kolejny z pożarów w 1604, wywołany przez Tatarów, zniszczył kościół.