W latach 1676 i 1743 miały miejsce kolejne pożary klasztoru. W latach 1846–1847 klasztor został przebudowany, wskutek tego dobudowano kondygnację piętrową. W 1766 założono bractwo św. Iwona W 1790 zostało dobudowane skrzydło poprzeczne klasztoru.
W międzyczasie, po spaleniu się sanockiego kościoła parafialnego pw. Michała Archanioła 30 września 1782 świątynia przyklasztorna pełnił funkcję kościoła parafialnego (do franciszkańskiego kościoła została przeniesiona parafia, jednak jej zarząd nie został przekazany zakonnikom franciszkańskim) do 19 grudnia 1886, gdy powstała Parafia Przemienienia Pańskiego w Sanoku (w tym okresie gwardianie klasztoru pełnili jednocześnie urząd proboszcza). W kościele i klasztorze służyło na ogół trzech ojców i dwóch braci, którzy prowadzili także folwark poza miastem.
W okresie Austro-Węgier władze cesarskie Józefa II Habsburga przejęły część pomieszczeń klasztornych i utworzyły w nich areszt (wobec braku więzienia na terenie miasta) i tzw. sąd cyrkularny (powiatowy), a ponadto skonfiskowały część majątku kościelnego. 1 listopada 1851 o godz. 5:30 we mszy św. w kościele farnym wziął udział cesarz Austrii Franciszek Józef I, odwiedzający Sanok podczas podróży po Galicji i Bukowinie.