została podwyższona niemal dwukrotnie), wcześniej miała formę kopulastą, a w 1896 wzniesiono wieżyczkę na sygnaturkę. Ponowne restauracje kościoła i klasztoru przeprowadzono w 1905 (wówczas zbudowano dwie kondygnacje wieży i zbudowano jej hełm).

25 sierpnia 1900 klasztor został odwiedzony przez Namiestnika Galicji Leona Pinińskiego. 18 maja 1914 doszło do usunięcia się ziemi z gorze, na której stoi kościół franciszkanów. W 1920 podwyższono kaplice w świątyni. Od 1935 do 1939 malarską dekorację wnętrza kościoła (polichromie) wykonywał sanocki malarz, Władysław Lisowski: nad kaplicą im. św. Maksymiliana Kolbego znajduje się fresk pt. Św. Franciszek rozsyła zakonników w świat (odmalowane osoby noszą twarze mieszkańców Sanoka: związany z kościołem Antoni Jędrzejowski oraz zakonnicy, organista br. Michał Czyż i zakrystianin br. Metody Wojcieszek, zaś widok na Asyż przypomina panoramę Sanoka)Edward Zając, Szkice z dziejów Sanoka. Część druga, Sanok 2000, s. 61.;