Piórem swoim zasilał także wychodzący w Poznaniu „Przegląd Kościelny”, w którym ogłosił rozprawy filozoficzno-dogmatyczne O stworzeniu świata i O początku zła w świecie zmysłowym (1893) oraz De anno gratiae z zakresu diecezjalnego prawa kościelnego (1894)L. Formanowicz, Józef Dydyński w: Polski Słownik Biograficzny, t. VI, Kraków 1948, s. 47..
W 1866 prof. Józef Łepkowski działalność naukową ks. J. Dydyńskiego zaliczał do najważniejszych swego czasu, obok dokonań Raczyńskiego, Łukaszewicza czy DziałyńskiegoJ. Łepkowski, O zabytkach Kruszwicy, Gniezna i Krakowa, Kraków 1866, s. 127.. Władysław Bentkowski z kolei nazwał Dydyńskiego jednym z pierwszych polskich archeologów oraz badaczy starożytności. Również w latach 50. XIX wieku przychylnie o publikacjach naukowych Dydyńskiego wypowiadała się „Biblioteka warszawska”. Od 1858 r. naukowiec związany był z Poznańskim Towarzystwem Przyjaciół Nauk, w którym zaprzyjaźnił się m.in. z prof. Bolesławem Erzepkim (1852-1932), Władysławem Jażdżewskim (1835-1895), Władysławem Bentkowskim (1817-1887), Ignacym Zakrzewskim (1823-1889), Klemensem Koehlerem (1840-1901) i Augustem Cieszkowskim (1814-1894). Na pracach badawczych ks. Józefa Dydyńskiego oparł się również Maksymilian Baruch (1861-1933) publikując w 1907 r. Boże stopki. Archeologia i folklor kamieni z wyżłobionymi śladami stópM.