Kariera reprezentacyjna Jego debiut w reprezentacji Argentyny przypadł na mecz z Polską U23. Spotkanie zostało rozegrane w San Miguel de Tucuman i zakończyło się wygraną gospodarzy (2-0).
W 1998 roku został powołany przez Daniela Passarellę na Mistrzostwach Świata we Francji. Albicelestes przegrali w ćwierćfinale z Holendrami (2-1). W spotkaniu tym Verón zaliczył asystę przy golu Claudio Lopeza, popisując się efektownym prostopadłym podaniem między linią obrony. Cztery lata później wystąpił na Mundialu w Korei i Japonii jako kapitan reprezentacji, lecz turniej zakończył się klęską Argentyńczyków, którzy nie wyszli nawet z grupy. Krytyka kibiców skupiła się na osobie Verona, według których, słaba gra piłkarza była powodem porażki z Anglikami.
Verón został wykreślony ze składu kadry na Mistrzostwa Świata 2006, ale kilka miesięcy później, nowy trener reprezentacji – Alfio Basile, przywrócił go do kadry. Wtedy też zdobył z drużyną narodową swój pierwszy medal zajmując drugie miejsce na Copa America 2007. Przejęcie funkcji trenera reprezentacji przez Diego Armando Maradonę nie zmieniło pozycji Verona, który umieścił go w kadrze Albicelestes na Mistrzostwa Świata 2010.