W tym samym budynku urządzono również obozową komendanturę.

Obóz zagłady w Bełżcu rozpoczął działalność 17 marca 1942 roku, wraz z przybyciem pierwszych transportów z Lublina i Lwowa. Dla niemieckich nazistów stał się swoistym „laboratorium” ludobójstwa, gdyż uzyskane tam doświadczenia zostały później wykorzystane w innych obozach śmierci. Zasady i procedury, które regulowały funkcjonowanie obozu, a w szczególności proces uśmiercania ofiar i postępowanie z więźniami, wypracowano, zastosowano i udoskonalono w obecności i pod ścisłym nadzorem Wirtha. Najważniejsze spośród nich przedstawiały się następująco: Przywożeni do obozu Żydzi do samego końca nie mieli prawa domyślić się, iż czeka ich śmierć. Celem uśpienia ich czujności obóz zaprojektowano w taki sposób, aby z kolejowej rampy nie można było dostrzec komór gazowych i masowych grobów. Ofiary starano się także utrzymać w przekonaniu, że Bełżec jest jedynie obozem przejściowym, z którego po „kąpieli i dezynfekcji” zostaną rozesłane do obozów pracy. Wirth osobiście wygłaszał uspokajające przemowy do nowo przybyłych Żydów. Jednocześnie „rozładunek” transportu, pozbawianie odzieży w rozbieralni i wpędzanie do komór gazowych przeprowadzano w błyskawicznym tempie, łamiąc siłą wszelkie próby oporu. Pośpiech i brutalne traktowanie miały wprawić ofiary w oszołomienie i uniemożliwić im jakikolwiek opór.