Ładowały one akumulator Ni-MH, będący źródłem energii elektrycznej dla statku.
Statkiem zarządzały dwa niezależne, zintegrowane moduły elektroniczne, w których skład wchodziły komputery RAD6000, odporne na promieniowanie. Każdy moduł zawierał po dwa procesory: główny, taktowany z częstotliwością 25 MHz, i zapasowy, taktowany z częstotliwością 10 MHz. Do przechowywania danych służyły dwa dyski typu SSD, każdy o pojemności 1 GB. Komputer pokładowy pobierał, kompresował i zapisywał na nich zdjęcia i dane z instrumentów naukowych, sortował je, a najważniejsze informacje przesyłał w pierwszej kolejności na Ziemię. Operatorzy misji mogli również sami decydować, które dane i w jakiej kolejności chcą pobierać.
System określania pozycji statku używał szukaczy gwiazd oraz zespołu czterech żyroskopów i czterech przyspieszeniomierzy. Jako układ zapasowy służyło sześć wykrywaczy Słońca. Położenie statku zmieniane było za pomocą czterech żyroskopów lub silniczkami o małym ciągu.
MESSENGER odbierał komendy z Ziemi i nadawał dane przez anteny pasma X z fazowaniem (polaryzacja kołowa).