Rozbiórka obiektu Plany wyburzenia Pałacu Republiki wzbudziły niemałe kontrowersje. Obroną gmachu przed rozbiórką zajmowało się specjalne stowarzyszenie „Verein zur Erhaltung des Palastes der Republik”. Przeciw zburzeniu budynku wypowiadały się też takie znane osoby jak niemiecki aktor Daniel Brühl czy amerykańska aktorka Sandra Bullock. W styczniu 2006 w Berlinie odbyła się demonstracja przeciwko wyburzeniu budynku. Prace rozbiórkowe rozpoczęły się 6 lutego 2006 roku i miały zakończyć się już w 2007, ale z uwagi na pewne problemy natury technicznej (odkrycie trującego azbestu w niektórych miejscach gmachu, którego nie wykryto przy pracach w latach 1998–2003) termin zakończenia prac rozbiórkowych przesunięto na koniec 2008. Koszt rozbiórki oblicza się na ok. 12 milionów euro. Likwidacja Pałacu Republiki oznacza konieczność usunięcia m.in.:
ponad 56 tysięcy ton betonu; ponad 19 tysięcy ton stali i żelaza
W 2006 Irina Enders zrealizowała film dokumentalny „Altlastpalast” dokumentujący ostatnie 6 miesięcy istnienia Pałacu Republiki, dyskusję o jego wyburzeniu oraz rekonstrukcji Zamku Berlińskiego.