Jest wtedy zalecany w dawce 15 mg na tydzień, W trakcie jego stosowania wymagana jest suplementacja kwasu foliowego, którego metotreksat jest antagonistą.
Leki przeciwbakteryjne i probiotyki Należy zaznaczyć, że leki przeciwbakteryjne nie są stosowane do leczenia samej choroby, ale jej powikłań zapalnych bakteryjnych. Najczęściej stosowany jest metronidazol, ale może być również wankomycyna, ciprofloksacyna i gentamycyna.
Przez pewien okres wiązano pewne nadzieje z przywróceniem równowagi biologicznej w świetle jelita w oparciu o stosowanie probiotyków, prebiotyków lub synbiotyków. Nie udowodniono jednak skuteczności tego typu terapii, poza przypadkiem zastosowania w formie probiotyku szczepu Escherichia coli Nissle 1917 zastosowanego w formie wlewu doodbytniczego. Skuteczność tej metody opisano w przypadkach łagodnych i średnio ciężkich rzutów choroby.
Leki biologiczne Pomimo stosowania powyższych leków u około 10% chorych nie udaje uzyskać się zadowalającej remisji, lub źle znoszą stosowane leczenia. W latach 90. XX wieku wprowadzono do leczenia, dzięki postępom biologii molekularnej i inżynierii genetycznej, nową grupę leków, tak zwane leki biologiczne.