w Guadalajarze działa pierwsza drukarnia.
W okresie walk o niepodległość Meksyku Guadalajara była długo oblegana przez siły powstańcze i w listopadzie 1810 r. poddaje się. Przywódca powstańców Miguel Hidalgo wydaje wówczas dekret o zniesieniu niewolnictwa na tym terenie. Po zamordowaniu Hidalgo wojskom kolonialnym udaje się wyprzeć powstańców z większości Jalisco oraz przejąć z powrotem Guadalajarę. Po ponownym pokonaniu Hiszpanów i uznaniu przez Hiszpanię suwerenności Meksyku w 1821 r. Jalisco dołączyło do federacji stanów meksykańskich (uzyskało status stanu w 1824 r.) i przyjęło konstytucję stanową w 1825 r. W połowie XIX wieku Jalisco dotykają liczne epidemie, a także walki o władzę pomiędzy stronnictwami liberałów i konserwatystów, a później interwencja francuska. Jalisco początkowo popierało konserwatystów, którzy sprzymierzyli się z narzuconym przez Francuzów cesarzem Maksymilianem I. Ostatecznie zwyciężyli liberałowie, z ramienia których Benito Juarez sprawował władzę jako prezydent. W czasie dyktatorskich rządów Porfirio Diaza większa część elity stanu udzieliła mu poparcia. Po wybuchu rewolucji meksykańskiej w 1910 r. lokalne milicje lojalne wobec Diaza pokonały rebeliantów.