W toku tych zmagań, w Kotlinie fergańskiej doszło do wielkiej bitwy nad Jaksartesem pomiędzy oddziałami macedońsko greckimi a kawalerią Masagetów. W tamtych czasach tadżyckie, kirgiskie góry na wschodnich kresach Sogdiany dawały również dobre oparcie dla Krajowców chcących przez wojnę podjazdową stawiać opór inwazji macedońskiej.
Na wschód od Sogdiany właściwej rozciągała się jej quasi niezależna część „Fergana”, ze względu na otoczenie szańcem gór bardziej rolnicza, niż nastawiona na wojenne rzemiosło, odpierająca najazdy z północy Sogdiana.
Epoka jońska Po podbiciu imperium Achemenidów, wojska Aleksandra Macedońskiego zaatakowały Saków, nie udało im się jednak podbić ich ziem. Część terenu dzisiejszego Kirgistanu weszła w skład Królestwa Greko-Baktryjskiego. W drugim wieku p.n.e. Sakowie zostali wypchnięci z terenów wokół rzeki Syr-darii przez Tocharów, potem zaś oba plemiona sprzymierzyły się i zadały klęskę Królestwu Greko-Baktryjskiemu.