Drugi sezon rozpoczął w pierwszej piątce obok Williamsa. W NCAA zasłynął jako świetny obrońca. Notował średnio na mecz 2,3 przechwytu i 5,9 asysty. W kolejnych latach też był jednym z najważniejszych zawodników swojej uczelni. W trzecim roku gry dostał się do najlepszej 10 podających w całej NCAA. Karierę uniwersytecką zakończył z rekordami uczelni pod względem przechwytów (300) i minut (4813). Zajmuje też drugie miejsce pod względem asyst (819). NBA Chicago Bulls (2004–2008) Duhon został wybrany w drafcie 2004 roku przez Chicago Bulls z 38. numerem. W debiutanckim sezonie zagrał we wszystkich 82 meczach, zdobywając 5,9 punktu i 4,9 asysty na mecz. Najlepszy mecz zagrał przeciwko Atlanta Hawks. Trafił wtedy 8 z 9 rzutów za trzy punkty, zdobywając łącznie 24 punkty.
Z każdym sezonem jego rola w zespole malała. Po oddaniu Bena Wallace’a i Joe Smitha do Cleveland Cavaliers w zamian za Larry’ego Hughesa i Drew Goodena stracił rolę pierwszego rezerwowego. 7 lutego 2008 zdobył rekordowe w karierze 34 punkty przeciwko Golden State Warriors. Po sezonie został wolnym agentem.