Substraty dopływające z zewnątrz (dyfuzja X przez błonę półprzepuszczalną) odgrywają rolę „pożywki chemotonu”. Jednym z produktów cyklu reakcji jest jej substrat – jeden ze składników modelu cytoplazmy (A1), co zapewnia możliwości „wzrostu chemotonu” bez zakłócenia stacjonarnego stanu całości (układ rosnący, akumulacyjny). Inne (Y) są „wydalane” na zewnątrz.
W przypadkach rzeczywistych, takich jak np. cykl Calvina, ogólnym symbolom A, X i Y odpowiadają sumy ilorazów νiAi, νi Xi i νiYi, gdzie ν jest współczynnikiem stechiometrycznym, określonym dla kolejnych kroków procesu kołowego. thumb |center|500px|Cykl Calvina; A – fosfogliceryniany biorące udział w kolejnych krokach cyklu, X – , ATP, NADPH, , Y – ADP, NADP,
Podsystem tworzenia błony thumb |350px|Model minimalnego podsystemu samoodtwarzania i wytwarzania błony powierzchniowej thumb|350px|Schemat warstw powierzchniowych, powstających pod wpływem fizykochemicznych oddziaływań międzycząsteczkowych (analogie błony chemotonu); 1 – podwójna warstwa lipidowa (zob. błona komórkowa), 2 – warstwa pojedyncza (zob.