W 1990 Brian Lenihan został kandydatem FF w wyborach prezydenckich. Jego konkurentami byli wspierana przez Partię Pracy Mary Robinson i Austin Currie z Fine Gael. Początkowo uchodził za faworyta tych wyborów. W trakcie kampanii ujawniono jednak jego postawę podczas kryzysu rządowego w 1982, gdy jako jeden z liderów opozycji dzwonił do prezydenta Patricka Hillery'ego, domagając się, by ten nie uwzględnił wniosku premiera Garreta FitzGeralda o rozwiązanie parlamentu. Tłumaczenia Briana Lenihana negującego takie rozmowy skutkowały dyskusją na temat jego wiarygodności, ostatecznie doprowadziły do jego odejścia z rządu jeszcze przed wyborami, co przyczyniło się do powstania wewnętrznego konfliktu w Fianna Fáil. Ostatecznie w głosowaniu kandydatka laburzystów otrzymała 38,9% głosów preferencyjnych, a przedstawiciel FF 44,1%. Po rozdysponowaniu głosów oddanych na Austina Currie okazało się jednak, że w wyborach zwyciężyła Mary Robinson.
W ostatnich latach życia Brian Lenihan ciężko chorował. W 1989 przeszedł w Stanach Zjednoczonych operację transplantacji wątroby.