6 listopada 1948 roku odbyło się uroczyste przekazanie statku do eksploatacji, który przy tej okazji otrzymał nazwę r/v „Michał Siedlecki” na cześć zoologa Michała Siedleckiego i nadal używał dotychczasowy znak rybacki (Gdy-119). Szyprem został znany rybak Józef Lipski. 8 grudnia kuter wyszedł w swój pierwszy rejs badawczy, w czasie którego badano południowe krańce Głębi Gotlandzkiej, a potem południowe krańce Rynny Słupskiej. 1 stycznia 1949 roku Morski Instytut Rybacki „wchłonął” Morskie Laboratorium Rybackie, tym samym stając się właścicielem statku. W kolejnym rejsie, który trwał od 7 do 11 lutego, r/v „Michał Siedlecki” kontynuował badania Rynny Słupskiej. Powrócił tam, wraz z dwoma kutrami gdyńskiej „Arki”, 10 marca prowadząc połowy dorsza, w których uzyskano bardzo dobre wyniki pomimo złych warunków pogodowych, które zmusiły kutry do powrotu po dwóch dniach połowów. 20 marca statek rozpoczął rozpoznanie wschodniej części Zatoki Gdańskiej w rejonie Bałtyjska. 21 kwietnia r/v „Michał Siedlecki” wyszedł na rozpoznanie zachodniego Bałtyku, przy czym najlepsze wyniki uzyskano na Głębi Bornholmskiej. W połowie maja statek pobierał próbki planktonowe i hydrologiczne na Głębi Gotlandzkiej. W sierpniu 1949 roku dokonywał próbnych połowów na zachodnim Bałtyku.