W sierpniu 2012 został trenerem reprezentacji Polski i poprowadził w meczach sparingowych, w tym z kadrą A Francji. 30 sierpnia 2012 oficjalnie podpisał dwuletni kontrakt na szkolenie reprezentacji Polski. Konsultantem kadry został Wiaczesław Bykow. Został trzecim w historii rosyjskim trenerem kadry Polski (przed nim Anatolij Jegorow i Władimir Safonow). W 2013 otrzymał tytuł Trenera sezonu seniorów w plebiscycie "Hokejowe Orły". Równolegle pełni funkcję konsultanta kadry Polski do lat 20, a w 2013 został trenerem przygotowującym zespół funkcjonujący pod nazwą 1928 KTH i występujący w rozgrywkach Polska Hokej Liga. W kwietniu 2014 został asystentem W. Bykowa w klubie SKA Sankt Petersburg. Jednocześnie pozostał konsultantem kadry Polski. Drużyna SKA zdobyła w sezonie KHL (2014/2015) mistrzostwo ligi, Puchar Gagarina. W czerwcu 2015 Zacharkin odszedł wraz z Bykowem z klubu.
Latem 2015 został trenerem koordynatorem w Saławacie Jułajew Ufa. W październiku 2015 został głównym trenerem klubu. Po porażce w 1. rundzie play-off sezonu KHL (2016/2017) odszedł z klubu wraz z asystentami Nikołajem Borszczewskim i Kiriłłem Korieńkowem. Pod koniec marca 2017 został głównym trenerem Jugry Chanty-Mansyjsk.