Niedługo po tym wrócili do Asunción, stolicy Paragwaju, gdzie Eliza Lynch namówiła Lópeza do zbudowania nowej komory celnej, biblioteki narodowej, arsenału, stacji kolejowej, nowej katedry i opery wzorowanej na mediolańskiej La Scali. Zamieszkała w luksusowej pałacowej rezydencji w paragwajskiej stolicy, rozpowszechniając wśród elit tego kraju francuskie kulinaria, muzykę, perfumy, modę i sztukę. Jednocześnie stała się ona największą właścicielką ziemską w Paragwaju dzięki wpływom Francisco Solano Lopeza, który przekazał jej olbrzymie majątki ziemskie, łącznie z kilkoma przynoszącymi zyski ranczami oraz ponad 20 domami.
Po śmierci ojca López dokonał zamachu stanu. Ogłosił się prezydentem, Eliza zaś zyskała tytuł pierwszej damy. W czasie wywołanej przez niego wojny paragwajskiej ulokowała za granicą zawartość skarbca państwowego, konfiskowała kobietom biżuterię, zajmowała ziemie i grabiła kościoły oraz domy. Kiedy w 1870 López został zastrzelony (prawdopodobnie przez swoich rodaków), próbowała uciec przez dżunglę w sukni balowej, została schwytana i zmuszona do wykopania gołymi rękami grobu Lópezowi i najstarszemu synowi Juanowi Franciscowi, który zginął, ratując matkę. Jednak zauroczeni jej pięknem Brazylijczycy pomogli jej potajemnie wyemigrować do Europy.