W 1996 został wyznaczony na stanowisko dziekana cerkwi św. Innocentego przy seminarium duchownym w Biełgorodzie. Był również wykładowcą seminarium i uczestnikiem misyjnych wyjazdów duchowieństwa prawosławnego do Jakucji, Kałmucji i na Czukotkę. 5 stycznia 1997 złożył wieczyste śluby mnisze, przyjmując imię Innocenty na cześć św. Innocentego z Alaski. W latach 1997–1999 uzupełniał edukację teologiczną na studiach w Kijowskiej Akademii Duchownej. W 2007 obronił dysertację kandydacką.
Od 2003 służył w soborze Przemienienia Pańskiego w Nowokuźniecku i pracował w miejscowym seminarium duchownym. Od 2006 do 2012 był proboszczem parafii św. Mikołaja w tym samym mieście. Od 2004 do 2012 zasiadał w sądzie kanonicznym eparchii kemerowskiej i nowokuźnieckiej, od 2011 jako zastępca przewodniczącego.
Nominację na biskupa mariińskiego i jurgińskiego otrzymał 26 lipca 2012 na posiedzeniu Świętego Synodu Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. W związku z tym trzy dni później został podniesiony do godności archimandryty.