Gdy w końcu dociera do sanktuarium, droga do Aleksandra jest blokowana przez silną barierę. Z pomocą przychodzi mu Agrippa, więzień barona, który mówi mu, by znalazł fragmenty roztrzaskanej kuli i zniszczył barierę. Doradza też, aby sporządził miksturę opracowaną przez jego ucznia Weyera, która uwolniłaby Agrippę z jego ciała, a potem odciął mu głowę i użył jej do pokrzyżowania planów barona. Gra może zakończyć się na trzy sposoby: Danielowi może się nie udać powstrzymać barona, przez co staje się jego ofiarą; może zniszczyć portal poprzez przewracanie filarów, zabijając Aleksandra, a samemu uciekając; może też posłuchać rady Agrippy i wrzucić jego głowę do portalu, przez co mrok pochłonie zarówno barona, jak i Daniela, lecz zakończenie to sugeruje, że Daniel zostanie uratowany, gdyż słyszy on głosy Agrippy i Weyera.
Amnesia: Justine Gracz kieruje poczynaniami bezimiennej kobiety, która budzi się w celi pozbawiona swoich wspomnień. Z fonografu zostaje odtworzone nagranie, w którym kobieta o imieniu Justine mówi jej, że jest obiektem testu psychologicznego.