W latach 1684–1692, ze środków przekazanych przez hetmanów Iwana Samojłowicza i Iwana Mazepę na miejscu starszej świątyni monasterskiej został wzniesiony okazały kamienny sobór Przemienienia Pańskiego. Świątynia ta została zbudowana w stylu baroku kozackiego z elementami tradycyjnej staroruskiej architektury cerkiewnej. Poświęcenia budynku dokonał w 1692 metropolita kijowski Warłaam (Jasiński). W 1733 monaster po raz kolejny doznał zniszczeń wskutek pożaru. W 1744 po raz pierwszy w historii przełożony klasztoru, ihumen Joazaf, otrzymał godność archimandryty. Od 1785 wspólnota posiadała filialny skit pod wezwaniem Zwiastowania. W 1799 w klasztorze został pochowany patriarcha konstantynopolitański Serafin. W monasterze znajdują się również nagrobki arcybiskupa tobolskiego Ambrożego (zm. 1826) i biskupa połtawskiego Metodego.
Od 1813 do 1838 przełożeni Monasteru Mgarskiego byli równocześnie rektorami seminarium duchownego w Połtawie, zaś od 1843 honorowe zwierzchnictwo nad klasztorem należało do biskupa połtawskiego, który wyznaczał do codziennego zarządzania wspólnotą swojego namiestnika.