Linie łączące węzeł z innymi miastami to: Linia kolejowa nr 38, z której kursują pociągi z Białegostoku oraz do Korsz, z których linią nr 353 docierają do stacji Olsztyn Główny. Linia kolejowa nr 41 do Gołdapi przez Olecko (nieczynna na odcinku Olecko-Gołdap), czynna jedynie w ruchu towarowym; Linia kolejowa nr 219 do Olsztyna Głównego przez Szczytno Linia kolejowa nr 223 do Czerwonki przez Mrągowo (nieczynna na odcinku Orzysz - Mikołajki), czynna jedynie w towarowym;
Ponadto częścią sieci linii kolejowych miasta jest również kolej wąskotorowa. W mieście oraz sąsiadujących gminach funkcjonuje Ełcka Kolej Wąskotorowej o rozstawie szyn 750 mm.
Linie kolejowe nr 38 i 41 stanowią część Rail Baltiki. Rozpoczęcie modernizacji trasy planowano na 2020 rok.
Punkty eksploatacyjne Ełk - największa stacja węzła ełckiego, obsługująca ruch osobowy i towarowy, bocznice, parowozownia; Ełk Towarowy - stacja towarowa, obsługa bocznic; Ełk Wąskotorowy - stacja z ruchem osobowym sezonowym turystycznym, stacja styczna dla stacji Ełk. Ełk Szyba Wschód Ełk Szyba Zachód Ełk Zachód thumb|Przystanek Ełk Szyba WschódPrzy stacji Ełk zlokalizowane były liczne jednostki organizacyjne kolei.