Po rozpoczęciu w radzieckich stoczniach budowy trzech pierwszych jednostek według niemieckich planów i częściowo z niemieckim wyposażeniem, oznaczonych jako seria IX, dokonano modyfikacji projektu, uwzględniając w nim jak największą liczbę podzespołów produkcji krajowej, by uniknąć drogiego i niepewnego importu. Okręty te określono jako serię IX-bis, zewnętrznie różniły się od poprzedników między innymi brakiem osłony działa pokładowego.
Jednym z okrętów serii IX-bis był S-56, którego stępkę położono w stoczni nr 194 im. A. Marty w Leningradzie 24 listopada 1936 roku (numer stoczniowy 405). Następnie znajdujący się na pochylni kadłub został rozmontowany na sekcje i przewieziony koleją do stoczni nr 202 im. Woroszyłowa we Władywostoku (Dalzawod). Tam, po ponownym zmontowaniu został zwodowany 25 grudnia 1939 roku. Prace wykończeniowe trwały niemal dwa lata, zakończono je 20 października 1941 roku, a ostatniego dnia tegoż miesiąca okręt formalnie wszedł w skład Floty Oceanu Spokojnego, jako jednostka wydzielonego dywizjonu szkolnego okrętów podwodnych stacjonującego we Władywostoku.