W okresie II wojny światowej załoga liczyła zwykle do 46 osób: ośmiu oficerów, 16 podoficerów i 22 marynarzy.
Główne uzbrojenie okrętu stanowiło sześć wyrzutni torpedowych kal. 533 mm: cztery dziobowe i dwie rufowe, z zapasem 12 torped (sześciu w wyrzutniach i sześciu zapasowych). Stosowane były torpedy różnych typów: między innymi 53-27, 53-38, 53-39 (parogazowe) oraz ET-80 (elektryczna). Strzał torpedowy był możliwy z głębokości do 15–17 metrów, a po powojennej modernizacji do 30 metrów. S-56 jako jedyny okręt swojego typu spośród służących we Flocie Północnej nie otrzymał przed zakończeniem II wojny światowej urządzeń umożliwiających zautomatyzowane strzelanie salwy torpedowej z wyrzutni dziobowych z interwałem czasowym. Uzbrojenie artyleryjskie stanowiły: działo B-24-PŁ kal. 100 mm, z zapasem 200 pocisków, na pokładzie przed kioskiem; półautomatyczna armata przeciwlotnicza 21-K kal. 45 mm, z zapasem 500 pocisków, w tylnej części kiosku, oraz dwa karabiny maszynowe.