Po okupacji Estonii przez ZSRR w czerwcu 1940, bank został znacjonalizowany, a następnie oficjalnie zlikwidowany, a jego aktywa zostały przejęte przez republikański oddział Banku Państwowego ZSRR. Koronę estońską wymieniano po kursie 1 korona=1,25 rubla, chociaż wartość rynkowa korony wynosiła 8.10 rubli. Po zajęciu Tallinna przez wojska niemieckie, latem 1941, Bank Estonii wznowił swoją działalność. W 1943 stał się filią Gemeinschaftsbank Ostland w Rydze i działał pod nazwą Gemeinschaftsbank Estland, jednak nie miał prawa do emisji waluty. Po ponownym wkroczeniu Rosjan w 1944, sytuacja banku wróciła do stanu sprzed wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej. W grudniu 1989 podjęto decyzję o odrodzeniu Banku Estonii z dniem 1 stycznia 1990 roku. Bank zajmował się od 1991 do 2010 roku emisją waluty narodowej, korony estońskiej. Po wprowadzeniu w Estonii euro rola emisyjna banku przeszła w gestię Europejskiego Banku Centralnego.