Geologia i morfologia Jaskinia Skalistý potok jest jaskinią pochodzenia rzecznego. Powstała w jasnoszarych wapieniach pochodzących z górnego triasu (noryk i karnik), zaliczanych do płaszczowiny silickiej. Wytworzyły ją wody ściekające z południowo-zachodniej części płaskowyżu (Hačavská planina) i przesiąkające w głąb stoliwa całym systemem spękań i studni krasowych (w tym również z jaskini Kunia priepasť). Tworzy ją głównie rozwinięty horyzontalnie wzdłuż brzegu Płaskowyżu Jasowskiego, na długości ok. 2,5 km, tzw. dolny poziom z aktywnym ciekiem wodnym z licznymi syfonami i podziemnymi jeziorkami, ciągnący się ku zachodowi aż po skraj zabudowań wsi Háj. Wyraźną boczną odnogę jaskini tworzy ciąg korytarzy, również wymodelowanych kiedyś wodą, lecz od dawna suchych, który zaczyna się ok. 830 m od wyjścia (za 20. syfonem) i wznoszący się w kierunku północnym aż pod samą krawędź plateau płaskowyżu, pod koniec jedynie 70–80 m poniżej jego powierzchniZdenko Hochmuth, Stanislav Danko, Daniel Hutňan: Prieskum, topografia a náčrt genézy horných častí jaskyne Skalistý potok [w:] " Slovenský kras. Acta Carstologica Slovaca" 49/2, Liptovský Mikulaš 2011, s. 111-122.