Dalsze losy Z małżeństwa z Elżbietą urodziło się księciu pięcioro dzieci, z czego czworo dożyło wieku dorosłego. W chwili wybuchu II wojny światowej liczył książę 46 lat. Do końca czerwca 1940 roku uczestniczył w zachodniej kampanii przeciwko Francji, a potem przez dwa i pół roku stacjonował tamże do chwili wydania przez Hitlera dekretu zakazującego arystokracji udziału w działaniach militarnych III Rzeszy, opublikowanego 31 marca 1944 przez feldmarszałka Wilhelma KeitlaMartin Dallmeier, Martha Schad, op. cit., s. 155 i 157.. Jedyny syn księcia Franciszka Józefa, Gabriel zginął 17 grudnia 1942 roku w Bitwie pod Stalingradem w wieku zaledwie 20 lat.
thumb|left|220px|Katedra w Ratyzbonie, fasada zachodnia Po wojnie książę Franciszek Józef większość czasu spędzał w swoim rodzinnym domu, z wyjątkiem zim, które spędzał w Ratyzbonie na zamku św. Emmerama. Oprócz zajmowania się rodzinnym majątkiem książę coraz bardziej poświęcał się badaniom nad historią miasta Ratyzbona, dawnego opactwa św. Emmerama i domowej siedziby rodu. W dniu 21 grudnia 1963 roku książę otrzymał tytuł honorowego obywatela miasta Ratyzbona w uznaniu dla jego wysokich zasług w sprawach gospodarczych, społecznych i kulturalnychMartin Dallmeier, Martha Schad, op. cit., s. 158.. Był książę także honorowym członkiem Katolickiego Stowarzyszenia Studenckiego KDSt.V.