Z kolei według analizy Soto i współpracowników (2011), pierwszej uwzględniającej nowy okaz Uruguaysuchus, te dwa rodzaje tworzą monofiletyczną rodzinę Uruguaysuchidae, choć wsparcie dla takiej hipotezy jest względnie słabe. Autorzy nie wykluczyli możliwości, że Uruguaysuchus może być bliżej spokrewniony z bardziej zaawansowanymi Notosuchia.
Z dwóch gatunków nazwanych przez Rusconiego, Soto i in. akceptują tylko U. aznarezi, a holotyp U. terrai uznają za okaz młodociany U. aznarezi. Różnica w liczbie zębów pomiędzy nimi prawdopodobnie wynika z wewnątrzgatunkowej zmienności, a nie różnic filogenetycznych.
Paleobiologia Połączone stawowo szkielety kilku osobników odnaleziono na powierzchni około 2 m2, co sugeruje, że zginęły one w wyniku obsunięcia się ściany nory, w której przebywały. Do kopania Uruguaysuchus mógł wykorzystywać łopatowaty pysk, jednak w obliczu braku cech morfologicznych jednoznacznie dowodzących zdolności do rycia nor pozostaje to spekulacją. Heterodontyzm i duże różnice pomiędzy zębami przypominającymi siekacze a „zakłowymi” sugerują, że Uruguaysuchus był wszystkożerny.