Grunt pod nową świątynię podarował Józef Schneider, zaś pierwszy projekt sporządził Stanisław Borecki. Jednak po konsultacji z abp. Stablewskim został on zmieniony przez Maksymiliana Wilczewskiego, który odtąd kierował pracami. Budowę rozpoczęto w 1899 roku, jednak w tym roku zdołano przeprowadzić jedynie roboty wstępne. Kamień węgielny poświęcono 22 czerwca 1900 roku. 29 kwietnia 1901 nastąpił odbiór budynku w stanie surowym, zaś konsekracja, której dokonał bp Edward Likowski, miała miejsce 15 września 1901. Do naszych czasów zachowało się rozliczenie kosztów budowy. Na wzniesienie świątyni wydano 301 486 marek, z czego 205 tysięcy na sam kościół, 73 848 marek na probostwo, a 22 620 marek na ogrodzenie. Z dniem 1 stycznia 1913 ostatecznie wydzielono z parafii św. Marcina nową parafię Matki Boskiej Bolesnej. W tym okresie kościół stanowił ostoję polskości na Łazarzu. To przy nim miały swoją siedzibę różnorodne polskie organizacje.