Następnie podzielili się na trzy grupy: pierwsza przeniosła się na Wyżynę Pamirską, zakładając królestwo, którego panowanie trwało od IX do XIII wieku; druga ulokowała się w Korytarzu Gansu (później podbita przez Zachodnie Xia w pierwszej połowie XI wieku); trzecia natomiast wyemigrowała do dzisiejszej prefektury Turfanu, tworząc królestwo podbite przez mongolską dynastię Yuan w XIII wieku.
W 1759 dynastia Qing podbiła większość północno-zachodniego terytorium dzisiejszego Sinciangu i włączyła je do swojego imperium.
W 1864 Ujgurzy zbuntowali się i wyparli Qingów ze Wschodniego Turkiestanu i utworzyli niepodległe państwo . W 1876 Qing zaatakowało królestwo ujgurskie, ponownie przyłączając je do Chin. Dynastia zawarła wówczas układ z Rosjanami i zaanektowała państwo Ujgurów, nadając terytorium nazwę Prowincja Sinciang.