Po rewolucji październikowej monaster zajęły uzbrojone jednostki bolszewickie, 41 mnichów zostało zmobilizowanych. 7 sierpnia 1918 żołnierze bolszewiccy otworzyli relikwiarz Symeona Wierchoturskiego. Po wycofaniu się czerwonych w październiku tego samego roku w klasztorze kwaterował sztab jednego z pułków armii adm. Kołczaka. W 1919 w monasterze pozostawało 145 mnichów, którzy w lipcu tego roku opuścili zabudowania razem z wycofującymi się białymi. Większość z nich zdecydowała się jednak na powrót do klasztoru w roku następnym. Formalnie wspólnota została zlikwidowana przez władze radzieckie, jednak cerkiew monasterska pozostała czynna jako parafialna, zaś mnisi zamieszkali w dotychczasowym budynku. W 1920 władze zabroniły pielgrzymowania do relikwii św. Symeona Wierchoturskiego. W 1921 w klasztorze pozostawało jeszcze 43 mnichów. Od wymienionego roku następowała stopniowa konfiskata majątku monasteru. Część jego obiektów przejęło wojsko, klasztor podległ również akcji konfiskaty cerkiewnego majątku ruchomego w 1922. W 1924, gdy mnisi odmówili podporządkowania się Żywej Cerkwi, wspólnota została ostatecznie rozproszona. Na terenie byłego monasteru urządzona została kolonia karna dla przestępców nieletnich.