Najdalej w głąb lądu wysunięta część zatoki w pobliżu Kotoru znajduje się w odległości 15 mil morskich (ok. 27,8 km) od jej wejścia. Długość linii brzegowej zatoki wynosi ok. 106 km, a całkowita powierzchnia jej wód – 90 km². Dno zatoki, której głębokość waha się w większości od 30 do 40 m, pokryte jest młodymi osadami i jest lekko nachylone w kierunku wyjścia z zatoki.
W zatoce znajduje się 9 wysp: Miholjska Prevlaka, Mamula, Ostrvo Vavedenje u samego wlotu do zatoki, Sveti Marko, Zanovjetni Školjic, Ostrvo Cvijeća i Mala Gospa w Zalewie Tiwatskim oraz Gospa od Škrpjela i Sveti Đorđe w Zalewie Risańskim.
Zatokę Kotorską otacza kilka pasm Gór Dynarskich: od północnego zachodu są to góry Orjenu, od północnego wschodu Ledenice, zaś od strony południowo-wschodniej pasmo Lovćen. Pomiędzy zalewami znajduje się niewielki masyw Vrmac, który wraz z półwyspami Luštica i Prevlaka tworzą charakterystyczną linię brzegową.
Brzegi całej Zatoki Kotorskiej należą w całości do trzech gmin miejskich Czarnogóry: Herceg Novi, Kotor i Tivat, dzięki czemu otoczenie Zatoki jest najbardziej zurbanizowanym rejonem tego kraju.
Północno-zachodnie wybrzeże zatoki na niewielkim odcinku należy do Chorwacji.