Seminarium funkcjonowało w Krzemieńcu do roku szkolnego 1901/1902, gdy zostało przeniesione do nowo oddanego do użytku kompleksu obiektów w Żytomierzu, gdzie od 1841 znajdowała się rezydencja biskupów wołyńskich. Do końca XIX w. dyplomy końcowe seminarium w Krzemieńcu oraz analogicznej placówki w Wilnie uzyskało 800 osób.
W II Rzeczypospolitej Seminarium duchowne w monasterze Objawienia Pańskiego w Krzemieńcu zostało otwarte ponownie w 1919. Kadra pedagogiczna placówki pochodziła z seminarium w Chełmie, które nie wznowiło działalności po 1915. W 1921 władze polskie zgodziły się na funkcjonowanie seminarium. Tymczasowe przepisy o stosunku rządu do Kościoła prawosławnego w Polsce wymieniają szkołę, obok seminarium wileńskiego, jako jedną z dwóch placówek, których absolwenci mieli prawo do podejmowania pracy duszpasterskiej w prawosławnych parafiach na terytorium Polski. Władze polskie dążyły do polonizacji obydwu seminariów, wprowadzając do nich język polski jako wykładowy i doprowadzając do reformy programów nauczania. Wizytacja z 1923 wykazała zły stan materialny szkoły – budynek seminarium był zaniedbany, wyposażenie w pomoce naukowe było niewystarczające, brakowało internatu, przez co alumni musieli wynajmować kwatery prywatne.