W październiku 1897 roku Bodenheimer został członkiem delegacji syjonistycznej (Theodor Herzl, Józef Seidener, Joseph Schnirer, David Wolffsohn i Max Bodenheimer), która udała się pociągiem Orient Express do Konstantynopola. 18 października w Konstantynopolu miała miejsce pierwsza audiencja Herzla u cesarza Wilhelma II. Następnie delegacja syjonistyczna popłynęła statkiem do Palestyny, gdzie odwiedziła Jafę, Mikwe Jisra’el, Riszon le-Cijjon, Nes Cijjona i Rechowot. Gdy w 1899 roku Światowa Organizacja Syjonistyczna utworzyła Żydowski Trust Kolonialny, Bodenheimer został członkiem jej rady (obowiązki te pełnił do końca życia). W 1901 roku przyczynił się do uchwalenia przez Piąty Kongres Syjonistyczny Statutu Światowej Organizacji Syjonistycznej (niem. Organisationsstatut).