Na emigracji zajmowała się dokumentowaniem działań środowisk dysydenckich, współpracowała także z rozgłośniami „Radio Swoboda” i „Głos Ameryki”.

Działalność na rzecz społeczeństwa obywatelskiego W 1993 r. Aleksiejewa wróciła do Rosji, a trzy lata później znalazła się na czele Moskiewskiej Grupy Helsińskiej. W latach 1998–2004 była przewodniczącą Międzynarodowej Federacji Helsińskiej. Od 2002 r. działała w składzie Komisji Praw Człowieka przy Prezydencie Rosji. Głównym obszarem jej działalności stało się tworzenie w Rosji społeczeństwa obywatelskiego i walka z antydemokratycznymi posunięciami władz rosyjskich. W 2004 r. wspólnie z Garri Kasparowem tworzyła Wszechrosyjski Kongres Obywatelski, a od 2009 brała udział w ruchu obywatelskim „Strategia-31” i organizowała mityngi na Placu Triumfalnym w Moskwie, w obronie art. 31 Konstytucji Federacji Rosyjskiej (o swobodzie zgromadzeń).

Otwarcie krytykowała rządy prezydenta Władimira Putina i sprzeciwiała się wywołanymi przez rosyjskie władze konfliktom zbrojnym w Gruzji i na Ukrainie.

Jej uroczystości pogrzebowe odbyły się 11 grudnia 2018 w Domu Dziennikarza w centrum Moskwy.