Operacjami przeciw podziemiu kierowały: Wydział do Walki z Bandytyzmem na czele kolejno z Antonim Zarembiukiem, Henrykiem Deresiewiczem i Aleksandrem Pietraszkiewiczem oraz Wydział III na czele z Mikołajem Lachowskim.
Kierownictwo (szefostwo) 1-30 sierpnia 1944 Henryk Palka 31 sierpnia – 28 października 1944 Teodor Duda 29 października 1944 – 15 stycznia 1945 Stanisław Szot 16 stycznia – 30 listopada 1945 Faustyn Grzybowski 1 grudnia 1945 – 14 kwietnia 1946 Franciszek Marszałek (p.o.) 15 kwietnia 1946 – 14 marca 1947 Franciszek Piątkowski 15 marca – 14 grudnia 1947 Jan Tataj 10 grudnia 1947 – 24 września 1948 Franciszek Zalewski 25 września 1948 – 10 stycznia 1950 Artur Jastrzębski (właśc. Artur Ritter) 10 stycznia – 14 lutego 1950 Jan Gorliński (właśc. Cezary Monderer-Lamensdorf) (p.o.) 15 lutego 1950 – 14 stycznia 1953 Mikołaj Krupski 15 stycznia 1953 – 9 grudnia 1954 Bernard Borys Schildhaus Zastępcy kierownika (zastępcy szefa): 8 listopada – 31 grudnia 1944 Stefan Antosiewicz 22 sierpnia 1945 – 31 sierpnia 1946 Bronisław (Borys) Wróblewski 1 marca 1947 – 30 czerwca 1951 Jan Gorliński 1 lipca 1951 – 30 maja 1952 Artur Mickiewicz