Cystersi otrzymali również przywilej targowy, a niewiele później od Kazimierza Jagiellończyka prawo organizacji dwóch jarmarków rocznie.
Mimo podmokłego terenu zakonnicy radzili sobie dobrze z budową kościoła i klasztoru. Budowę kościoła prowadzono od roku 1289 do połowy XIV w. w dwóch fazach, w pierwszej wzniesiono prezbiterium, w drugiej korpus nawowy. W okresie tym wznoszono również zabudowania klasztorne. Ze względu na bliskość Byszewa (odległe o około 9 km) nie było konieczności wznoszenia obiektów tymczasowych, co usprawniło proces przenoszenia opactwa i samej budowy pierwszych stałych zabudowań. Kościół przeszedł jeszcze gruntowną przebudowę pod koniec XVII wieku, w wyniku której jego wnętrze otrzymało wystrój barokowy.
Do końca XIV w. opactwo rozwijało się bardzo dynamicznie. Pod koniec tego okresu jego majątek stanowiło prawie pięćdziesiąt wsi rozciągniętych na znacznym obszarze wokół opactwa. Kres prosperity przyniosła wojna z krzyżakami w 1410. Po bitwie pod Koronowem mnisi musieli opuścić opactwo, a w 1414 krzyżacy zburzyli miasto. Dalszych i bardzo dotkliwych zniszczeń klasztor doznał w czasie wojen husyckich w 1433. Poprawa sytuacji nastąpiła dopiero po zatwierdzeniu pokoju toruńskiego kończącego wojnę trzynastoletnią, kiedy Koronowo przestało być miastem nadgranicznym.