Według wspomnień jednego ze studentów: Uniwersytet w ciągu Świąt Bożego Narodzenia tak gruntownie się zmienił, że w styczniu „wydawało się, że to zupełnie inna uczelnia”.
Po ataku III Rzeszy na ZSRR i okupacji Lwowa przez Wehrmacht Juliusz Makarewicz poczynając od jesieni 1941 roku do ponownej okupacji sowieckiej (VII 1944), prowadził we własnym domu przy ulicy Mochnackiego 58 we Lwowie (obecnie ulica Drohomanowa) wykłady i seminaria w ramach tajnego nauczania (podziemny Uniwersytet Jana Kazimierza). Kursy te ukończyło ok. 50 studentów.
Schyłek życia we Lwowie Po ponownym wkroczeniu do Lwowa Armii Czerwonej został aresztowany przez NKWD w dniu 3 stycznia 1945 roku i osadzony początkowo w więzieniu przy ul. Łąckiego, a następnie wywieziony do obozu kontrolno-filtracyjnego nr 37 w Krasnodonie (przy kopalni węgla w Donbasie), gdzie przebywał wraz z innymi naukowcami do 8 września. W jego obronie do Bolesława Bieruta wystąpiło z listem otwartym ponad stu przedstawicieli świata polskiej nauki.