Był także członkiem komisji, która ustaliła status prawny i stan posiadania Kościołów prawosławnego i unickiego w Rzeczypospolitej.
Biskup Józef Bobrykowicz otrzymał 14 maja 1633 nominację na biskupa orszańskiego, mścisławskiego i mohylewskiego (białoruskiego). Wystawiony przez króla dokument wskazywał, iż jego jurysdykcja miała obejmować wszystkie prawosławne organizacje na terenie unickiej archidiecezji połockiej. Biskup otrzymał prawo swobodnego odwiedzania cerkwi w Połocku, Mścisławiu i Witebsku oraz służby na ich terenie – prawo to zostało biskupom prawosławnym odebrane po zabójstwie Jozafata Kuncewicza. Król wyraził zgodę, by wierni uniccy na terenie archidiecezji mogli dobrowolnie przyjmować prawosławie, natomiast prawosławni – przechodzić do Kościoła unickiego. Biskup otrzymał z kasy królewskiej 10 tys. złotych. Nominując Józefa Bobrykowicza, król miał ponadto nadzieję, że cieszący się znacznym autorytetem duchowny zdoła wpłynąć na Kozaków zaporoskich i skłonić ich do zmiany antypolskiej i antykrólewskiej postawy. Faktycznie nominat udał się nad Dniepr i odniósł w tym zakresie sukces. Józef Bobrykowicz był bliskim przyjacielem i współpracownikiem metropolity Piotra Mohyły, współdziałał także z prawosławnym bractwem wileńskim.