Niejednokrotnie zakonnicy jednego z monasterów na stałe lub czasowo przenosili się do drugiego. W 1644 w Bujniczach żyło ok. 200 mnichów. Wcześniej, przed 1635, w monasterze rozpoczęła działalność drukarnia zorganizowana przez Spirydona Sobola. Od 1652 do 1759 monaster pozostawał w konflikcie o majątki w Chołmie i Kościance z monasterem Wniebowstąpienia Pańskiego w Barkołabowie.
Majątek monasteru w Bujniczach został zdewastowany przez wojska kozackie Iwana Zołotareńki podczas wojny polsko-rosyjskiej, w 1654. Kolejnych strat obiekt doznał podczas wojny północnej, w 1708. Żołnierze szwedzcy zniszczyli wówczas drewnianą cerkiew Zaśnięcia Matki Bożej w celu pozyskania materiału na budowę mostów. Odbudowa monasteru ze zniszczeń trwała dziesięć lat. W 1718 klasztor zamieszkiwało sześciu mnichów. W XVII–XVIII w. przełożeni klasztoru wielokrotnie uskarżali się również na ataki na monaster i jego majątek ze strony miejscowej katolickiej szlachty. W końcu XVIII w. w klasztorze pozostawało pięciu mnichów, trzech posłuszników i diakon. Przełożeni monasteru wielokrotnie kierowali do konsystorza eparchii białoruskiej skargi na członków wspólnoty, zarzucając im włóczęgostwo, pijaństwo i awanturnictwo. W 1798 Świątobliwy Synod Rządzący podporządkował monaster klasztorowi Objawienia Pańskiego w Mohylewie. Na początku XIX w.