W marcu 1651 został mianowany nauczycielem muzyki w gimnazjum ewangelickim, a wkrótce Director Musicae w Dreifaltigkeitskirche w Bratysławie. Większa część jego twórczości pochodzi właśnie z okresu bratysławskiego. W czasie swej działalności w Bratysławie Capricornus napisał 112 utworów. Wiele z nich opublikował w swych zbiorach Opus Musicum (1655}, w owym czasie jednym z najbardziej rozpowszechnionych zbiorów wokalno-instrumentalnej muzyki liturgicznej oraz Jubilus Bernhardi (1660). Niektóre utwory były też wydane pośmiertnie w Opus aureum missarum (1670).
W Bratysławie Capricornus oprócz swoich utworów wykonywał także dzieła mistrzów włoskich jak Giovanni Antonio Rigatti, Claudio Monteverdi, Alessandro Grandi, Giacomo Carissimi, a także niemieckich jak Heinrich Schütz, Johann Hermann Schein, Michael Praetorius. O wysokim poziomie muzyki na jego chórze możemy sądzić na podstawie zachowanych inwentarzy materiałów nutowych.