Pracował na stanowiskach: kierownika Zakładu Systemów AI (sztucznej inteligencji) w Instytucie Informatyki Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie, profesora Wyższej Szkoły Biznesu – National Louis University w Nowym Sączu (gdzie wykładał m.in. „Zarządzanie Produkcją (MRP II)”), kierownika projektów informatycznych w Deutsches Elektronen-Synchrotron w Hamburgu (1992–1997), Associate Professor w University of Illinois at Chicago (wykładał kurs „Inżynieria Oprogramowania” dla kadr międzynarodowego koncernu Motorola 1998–1999) i koordynatora zagranicznych projektów informatycznych finansowanych przez Komisję Europejską w Brukseli oraz European Organization for Nuclear Research – CERN w Genewie (1997–2000).
Od 2003 roku jest profesorem zwyczajnym w zakresie informatyki Akademii Górniczo-Hutniczej im. St. Staszica w Krakowie, a od 2007 roku – profesorem zwyczajnym w zakresie informatyki Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie. Członek Komisji Geoinformatyki na Wydziale IV Przyrodniczym Polskiej Akademii Umiejętności.
Mariusz Flasiński jest autorem 6 książek i monografii, ok. 130 artykułów w recenzowanych czasopismach, był kierownikiem 7 projektów badawczo-naukowych, promotorem 8 doktoratów, zasiada w kilkunastu komisjach i komitetach naukowych.