Jan Stefan Czajkowski (ur. 24 stycznia 1929 w Zakopanem, zm. 6 czerwca 2011 w Krośnie) – polski lekarz, ginekolog, działacz samorządowy i społeczny, członek honorowy Polskiego Czerwonego Krzyża.
Życiorys Jan Stefan Czajkowski był synem Tadeusza i Marii z Epsztajnów. W 1948 roku rozpoczął studia na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Jagiellońskiego. Dyplom uzyskał 19 maja 1956 roku. Pracował w przychodniach i ośrodkach zdrowia w Iwoniczu-Zdroju, Chorkówce oraz Miejscu Piastowym, jednocześnie będąc stażystą, a później asystentem w Szpitalu Powiatowym w Krośnie. W 1963 roku został zastępcą ordynatora oddziału ginekologiczno-położniczego.
W latach 1958–1968 był kierownikiem Wydziału Zdrowia prezydium Powiatowej Rady Narodowej w Krośnie. Od maja 1968 roku pełnił funkcję dyrektora Szpitala Powiatowego w Krośnie, następnie dyrektora Zespołu Opieki Zdrowotnej. W latach 1975–1990 był Głównym Lekarzem Wojewódzkim. Był członkiem Polskiego Towarzystwa Lekarskiego i wiceprzewodniczącym Zarządu Oddziału Narodowego Funduszu Ochrony Zdrowia w Krośnie. W 1984 roku wyróżniono go tytułem Zasłużonego Lekarza PRL. Na emeryturę przeszedł w 1990 roku, ale przez kolejnych 14 lat pozostał aktywny zawodowo.