W czasie kiedy dochodziło do tych przemian, 27 sierpnia 2012 siły AMISOM zajęły port Marka. Islamiści bez podjęcia walki ewakuowali się do Kismaju. Jednakże wówczas pod miasto podchodziła kolumna wojsk kenijskich i rebelianci zdający sobie sprawę z przewagi liczebnej i bojowej przeciwników przeprowadzili przegrupowanie oraz częściową ewakuację. Islamiści, przewidujący porażkę w konfrontacji z aliantami, pakowali i przerzucali broń w góry Galagi w Puntlandzie, korzystając z usług somalijskich piratów oraz rozkazali wyjechać z miasta wywodzącym się stamtąd partyzantom, którzy byliby gotowi je poddać. Na ich miejsce sprowadzeni zostali jednak talibowie z regionów Shabellaha Dhexe i Bakul. Al-Shabaab namawiało cywilów do obrony miasta, z kolei władze centralne nawoływały do ucieczki z Kismaju.